подскажите пожалуйста должна ли иметь организация какие то специальные лицензии или пройти какую либо дополнительную регистрацию для приобретения жд вагонов в собственность ?

Специальной лицензии не требуется для приобретения жд вагонов,потребуется наличие счета на РЖД для их отправки в Ваш адрес,оплаты жд тарифа или можете воспользоваться счетами другой организации , у которой имеется счет на РЖД.

Что нужно для открытия счета в РЖД?

Спец.счет не нужен. Что за бред ?